有機催化使用主要由C，H，O，N，S和P組成的有機小分子來加速化學(xué)反應(yīng)。有機催化劑的優(yōu)點包括它們對水分和氧氣缺乏敏感性，易得性，低成本和低毒性，與（過渡）金屬催化劑相比，在生產(chǎn)醫(yī)藥中間體方面具有巨大的直接利益。

在Knoevenagel縮合的例子中 ，據(jù)信哌啶與羰基化合物形成反應(yīng)性亞胺離子中間體：

另一種有機催化劑是DMAP，它可作為酰基轉(zhuǎn)移劑：

Steglich酯化

噻唑鎓鹽是多用途的粗蛋白試劑（酰基陰離子當(dāng)量），例如在Stetter反應(yīng)中得到應(yīng)用 ：

所有這些有機催化劑都能夠形成臨時的共價鍵。其他催化劑可以形成H鍵，或參與π堆積和離子對相互作用（相轉(zhuǎn)移催化劑）。可以為特定任務(wù)專門設(shè)計催化劑-例如，促進(jìn)對映選擇性轉(zhuǎn)化。